インシリコ技術適用上での留意点： Caution of technical points on the in silico technology

　　
◇　インシリコ研究実施上での留意点（ドッキング）：
Must pay attention that insilico research on docking approach

　　デモやカタログに書かれているスペックと、実際に自分が行なった時のスペックの違いに関して、以前このブログでも書かせていただきました。　　この時、たとえカタログで用いているのと同じ構造式の化合物を用いても、コンピュータ上での処理上の問題から開発元とユーザが個別に行った実験とに大きな差異が出ることを話しました。　
　　これは、化学多変量解析/パターン認識による構造-活性／ＡＤＭＥ／Ｔ／物性相関研究分野のみならず、インシリコ創薬におけるもう一つの大きな手法であるドッキングにおいても同様の問題があることが報告され、注意が喚起されています。　これは、以下のブログに書かれていました。
http://medicinalchemistry.blog120.fc2.com/blog-entry-783.html

　　一般的に、コンピュータを通せば何か素晴らしいことが出来て、素晴らしい結果が導き出されるようなイメージが先行しているようです。　しかし、現実的にはアナログ的な現象をデジタルな世界に移し替える、この時に発生する様々な問題の理解と解決なしに期待だけ先行するのは、非常に危険であることを理解しつつ、インシリコ技術を利用する事が大事と考えます。
　　だからと言って、萎縮したり、過剰反応でインシリコ技術を嫌ったりする必要はありません。　インシリコ技術を正しく理解し、その優れた特徴と限界を知り、最大限の成果を得る工夫や技術力をつければ、上記問題は克服できますし、従来手法では得られなかった素晴らしい結果を享受できることも事実です。　この問題はインシリコ分野に限らず、全ての研究分野で言えることです。
　　即ち、市販されているソフトウエアを単純に動かし、結果を鵜呑みにするだけでなく、そのバックにある基本技術を理解し、その限界や留意点を常に意識し、現在自分が実施しているインシリコ実験手順や結果に対して冷静に評価する習慣を身につけるという態度が重要です。

　　ＷＥＴな実験でも、Journalに報告されている実験が再現できないことがあると言われます。　私はそんなことがあるはずはないと思っていたのですが、学生時代に必要に迫られてある世界的に著名な先生が出した論文と同じ合成実験を行ないました。　しかし、どんなに努力しても再現できませんでした(収率が論文同様の高い値とならない）。　合成には、文章中では表現できないノウハウが存在し、時にはその事実が合成の行方を左右する場合があるという事を実感させられた瞬間でした。　特に、世界的に著名な先生方の論文はその傾向があるのかなーーと思いました。　あまり認めたくありませんが、自分の合成技術とのギャップが大きかったということが原因と、今では考えていますが・・。　

　　インシリコの世界も、全く同じです。　Journalやカタログに表だって書かれていない様々な留意点や、論文以前の前提事項が多数存在することは事実です。　残念ながらこのような事実について表だって議論される場や機会は極めて少ないようですが・・・。
　　先のブログには「痛烈批判」と書いてありましたが、ブログに書いてあった内容は批判でもなんでもありません。　単に、ドッキングを行なう時に知っておくべき、留意すべき「前提事項」にしかすぎません。　これらの事実を知った上でドッキングを行なう事が必要だというだけです。　
　　私が以前に本ブログでも書きましたように、化学多変量解析／パターン認識による構造－活性／ＡＤＭＥ／毒性／物性相関研究においても全く同じように、知っておくべきことや前提事項があることは事実です。　誤解してもらっては困りますが、先に私が行なった議論は手法そのものを批判したものではありません、単にインシリコ実験をする前に知っておくべき当然の事実を述べたにしかすぎません。

　　インシリコ実験を行なう時は、それぞれの分野でこのような事実があることを認識しつつ、常に自分のインシリコ実験結果を再見直しする習慣を身につけ、論理的な整合性の評価や不整合性等が無いかを自問自答しつつ実施する事が大切です。　
　　人はついうっかりすると自分の都合の良いように解釈しがちですから・・・。


文責：株式会社　インシリコデータ　湯田　浩太郎

現況報告： Status report

　　現在、建て替えのために仮住まい先に住んでいます。
　　ここしばらくパタパタしており、このせいでブログもゆっくり書けなかったのですが、やっと少し落ち着いてきました。　

　　家の建て替えは思った以上に大変です。　施工会社の選定から始まり、家の間取りやデザイン、それが決まると家の中の壁紙、床、天井、個別の部屋の調度品（特にキッチンまわり）や照明器具、配線やコンセントの位置、等々細かなことまで決定してゆきます。　殆ど週末はこれに時間を割かれます。　また、これ以外のこと（資金的なことや仮住まいの決定、そして引っ越し準備、等々）も順を追って走らせます。　さらに、一昨年の地震の件もあり、普通は行なわない地盤調査や液状化対策の検討も行ないました。　
　　引っ越し準備も大変で、今まで何十年も生活してきた過程で増えてきたもの、時代や生活パターンの変化で不用品となったものの始末や、仮住まいと新居への荷物の振り分けとがあり、引っ越し準備もこれまでの引っ越しと異なり、今まで以上に大変でした。　こんなにも不用品があったのだと、つくづく実感しました。　おかげで大分身軽になりました。　秋には、仮住まいから新居に移りますが、この時には現在使っている道具類もかなり整理する予定ですので、さらに身軽になると思います。　
　　非常に大変だったのですが、家内の助けが大きく、本当に助かりました。　事務作業が大嫌いな私ですが、インシリコデータも含め、今回の新築でも家内にはかなり活躍してもらっています。

　　引っ越し後、メールが一時繋がらなくなったりと、落ち着きませんでしたが、やっと一息ついて仮住まいの環境になじんできたところです。　今まで住んでいた家ですが、一週間もしないうちに撤去され、きれいな更地になってしまいました。　とてもさびしい感じがしました。　家が無くなった後の更地で地鎮祭を行いました。　これで、前の家と別れて、もともとの土地に関与する神々の心を鎮めて、新たな家への道筋がついたことになります。　現在は液状化防止の杭が打たれ、その後、基礎工事に入った段階です。

　　徐々に昔のペースを取り戻しつつあります。　このブログも含め、インシリコデータのホームページや、他の関連ブログも情報発信の場として引き続き利用させていただきます。　今後ともよろしくお願いいたします。


文責：株式会社　インシリコデータ　湯田　浩太郎