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 In this blog, I discuss and write various themes which I cannot edit on the
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2012/02/26

データ解析を行う時、あなたはどちらのアプローチを取りますか?(2/2):When you perform data analysis, which approach do you take?(2/2)

フィッティング(重回帰)を行う時のサンプル空間の扱いについてまとめます。
1.サンプル空間に合わせて分類する。
2.サンプル空間を作り直して分類する。

 先にもまとめましたように、この「サンプル空間に合わせる」ことと、「サンプル空間を作り直す」という問題は、二クラス分類に限らず重回帰手法等で代表されるフィッティング手法にも同様な問題が生じます。今回のテーマでの解析目的はフィッティングを行い、少しでも高い相関係数(R)や決定係数(R2)を達成し、出来ればフィッティングによる要因解析も行いたいということです。

◇フィッティング手法でも、サンプル空間は用いたパラメータの種類と数で決定されます
 サンプル空間に関しては、先の二クラス分類にしてもフィッティングにしてもまったく同じことです。従って、「サンプル空間にあわせて」フィッティングすることは、「サンプル空間の形を変えない」でフィッティングを行うという意味です。
 一方、「サンプル空間を作り直して」フィッティングを行うことは、先の二クラス分類の時に述べたように、パラメータの組み合わせや数を変えてフィッティングを行うということを意味します。このサンプル空間再構築のために行う手続きは二クラス分類時と同様「パラメータ選択(あるいは特徴抽出(Feature selection))」と言います。

◇特徴抽出(Feature selection)について
 この特徴抽出手法もいろいろあり、二クラス分類やフィッティングの両方で利用される手法と、二クラス分類とフィッティングとで別々に適用される手法、さらには用いるデータ解析手法単位で適用される手法といろいろあります。これらの手法には、それぞれ特徴や適用限界等がありますので、正しく使い分けることが必要です。
 この、特徴抽出手法に関し、多くのデータ解析関連情報ソースは殆ど触れていません。殆どがデータ解析手法の解説ばかりで、実際にデータ解析を行う時に最も重要となるこの特徴抽出手法にはあまり触れていません。たとえ議論していても、本当に簡単なことしか述べていません。十分な特徴抽出をせずに、実際に研究上でデータ解析を行おうとするとよい結果が得られないばかりか、次元圧縮や変換等をおこない、データ解析上での禁則に抵触しつつ無理に解析を行うことになります。このように特徴抽出は、実際にデータ解析を行う上で、データ解析手法の選択や適用問題よりも重要な技術となります。特にサンプル数があまり多くなく、さらには要因解析が重要となる創薬や一般化学分野の研究では特に重要です。このような研究分野では、少ないパラメータで高い分類率、相関/決定係数を達成することが求められます。このような、データ解析上極めて重要な特徴抽出に関しましては、機会を見て改めてまとめます。

◇サンプル空間とフィッティング手法(線形及び非線形)との関係
 
 二クラス分類の時と同様に、フィッティング(重回帰)の適用においてもサンプル空間に合わせた解析と、サンプル空間を作り直して行う解析の両方が存在します。こちらでも、データ解析手法を線形および非線形特徴抽出に分けて考えると、サンプル空間との関係がより明白になります。
 「サンプル空間が固定されている状態」の時。すなわち、利用するパラメータが固定されている場合は、少しでも高い相関/決定係数値を達成するために非線形フィッティング手法が良く利用されます。これは、同じパラメータ群と同じサンプル群を用いたフィッティングでは、線形フィッティング手法よりも非線形フィッティング手法による解析結果の方が常に高い値を示すためです。これも原理的に明白です。
 一般的に、与えられた、あるいは定まったパラメータ群を用いて作成されるサンプル空間は図1に示されるように、多くのサンプル群がバラバラになってサンプル空間上に存在しています。このようなサンプル空間である場合、図1に示されるような線形の重回帰直線は、回帰線上へのサンプルの集まり度が悪く、一般的には低い相関(R)/決定(R2)係数値となります。
        
 

          図1.サンプル空間の線形フィッティングイメージ図

 図2は図1と全く同じサンプル空間を代表的な非線形フィッティング手法であるニューラルネットワーク(Neural network)を適用して解析した時の様子が示されています。図1のように線形フィッティング手法では回帰直線から大きく離れていたサンプルが、非線形フィッティング手法を適用することで、非線形回帰線(図中赤の曲線)からの逸脱が大きく減少していることがわかります。
 このように二クラス分類時と同様、フィッティングの場合であってもサンプル空間の形を変えることなく、フィッティング手法を線形から非線形手法に変えることで線形手法とは比較にならない極めて高い相関/決定係数を簡単に得ることが可能となります。
 これも二クラス分類時と同様、非線形フィッティング手法が有する極めて強力なフィッティング能力のおかげと言えます。

図2. 図1と同じサンプル空間を非線形フィッティング手法を適用したイメージ図

◇フィッティング手法(線形及び非線形)の違いによる種々特性の差異
 しかしこの場合、図2をより詳細に見ていただければわかりますが、線形フィッティング手法を適用した場合との違いが相関/決定係数だけでなく、外挿性に関する特性や線上から大きく逸脱したサンプル(アウトライアー)に関する情報が大きく変化していることが分かります。
 つまり、外挿しようとすると図2の非線形回帰式の両端を見ればわかりますが、その線の行く先は、次にくるサンプルにより前後左右にどこにでも行くことになります。これが非線形重回帰の極めて高いフィッティング能力を示す原因ですが、予測という観点ではマイナスです。一般的にニューラルネットワークが予測性が弱いということは図2を見ればよくわかります。
 また、重回帰分析ではアウトライアーサンプルを特定することで、サンプルに関する貴重な情報を得ることが出来ます。このような目的で考えた場合、図2にはにこのサンプルがアウトライアーとなりますが、通常の線形重回帰の場合とニューラルネットワークによる非線形フィッティングを行った時では選択されるアウトライアーサンプルが異なることがわかります。線形重回帰では最も重要なサンプルがニューラルネットワークではアウトライアーとなり、ニューラルネットワークで重要なサンプルが線形重回帰ではアウトライアーとなる。これでは正しい解析が出来なくなってしまいます。
 これらの結果からもわかりますように、単に相関/決定係数のみを解析結果の品質の評価基準にしていると、真のデータ解析の目的を達成できなくなることがあるし、間違った結論に導かれることがあるということです。


図3. 作り直されたサンプル空間に対して線形フィッティング手法を適用したイメージ図

 図3にはサンプル空間を作り直し、線形重回帰でも可能な限り高い相関/決定係数が得られるようにした場合の図です。こちらの図はしょっちゅう見9なれた図ですね。この場合も新たに形成されたサンプル空間に非線形フィッティング手法(ニューラルネットワーク等)を適用すれば相関/決定係数判別関数さらに向上しますが、先に述べた問題を抱えてしまいます。
 図3の場合、この線形重回帰の外挿は、回帰式作成に用いたサンプル群の情報に基づくものとなっており、非線形フィッティングのように、次、あるいは近傍のサンプルニューラルネットワーク支配される状態でないことは明確です。

◇サンプル空間とデータ解析との関係
 これまでに、二クラス分類とフィッティングの場合におけるサンプル空間の問題についてまとめてきました。データ解析手法はサンプル空間を基準として眺めると、全く方向性の異なる二つのアプローチがあることがわかったかと思います。つまり、サンプル空間に合わせてデータ解析を行う場合と、サンプル空間の方をデータ解析手法にあわせて変形させて行う場合です。
 単に分類率や相関/決定係数が高いことを求める場合は、サンプル空間を変えずに実施できるアプローチの方がデータ解析を気軽に行えるので良いでしょう。但し、非線形手法の適用は今後まとめるチャンスコリレーション等の問題を避けるために、サンプル数を多く集めることが必要になります。従って、サンプルが集まりにくい研究分野では気軽に使えないことになります。
 分類率や相関/決定係数の高さよりも、要因解析が主体でデータ解析から得られる様々な情報を重視する場合は「サンプル空間を作り直す」アプローチをとることが必要です。適用するデータ解析に最適な形にサンプル空間を再構築するのは大変な作業となりますが、より科学的な根拠に基づいた解析や、科学的な要因を求める場合はこちらのアプローチをとることが必要となるでしょう。


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

2012/02/14

データ解析を行う時、あなたはどちらのアプローチを取りますか?(1/2):When you perform data analysis, which approach do you take? (1/2)

二クラス分類を行う時のサンプル空間について考えます。
1.サンプル空間に合わせて分類する。
2.サンプル空間を作り直して分類する。 

 「サンプル空間に合わせる」ことと、「サンプル空間を作り直す」ということは、具体的にはどのようなことを意味しているのでしょうか。ターゲットとする解析目的は二クラス分類を行い、少しでも高い分類率を達成し、出来れば二つのクラスに分ける要因の解析も行いたいということです。 

◇サンプル空間は、用いたパラメータの種類と数で決定されます
 サンプル空間は用いたパラメータにより構築されます。従って、「サンプル空間にあわせて」分類するということは、「サンプル空間の形を変えない」という意味です。従ってこの要求事項は、サンプル空間の構築に必要となるパラメータの種類と数を固定することで実現されます。この条件下で分類手法を適用することで「サンプル空間に合わせた分類」が実現されます。
 では、「サンプル空間を作り直す」とは具体的にどのようなことでしょうか。これは、先と逆の操作、すなわちパラメータの組み合わせや数を変えるということを意味します。このサンプル空間再構築のために行う手続きを「パラメータ選択(あるいは特徴抽出(Feature selection))」と言います。


◇サンプル空間と分類手法(線形及び非線形)との関係
 利用するパラメータが固定されている場合。即ち、「サンプル空間が固定されている状態」の時、少しでも高い分類率を達成するために非線形分類手法が良く利用されます。これは、同じパラメータ群と同じサンプル群を用いて二クラス分類を行うならば、線形分類手法よりも非線形分類手法による分類結果の方が常に高い値を示すためです。これは原理的に明白です。

 一般的に、与えられた、あるいは定まったパラメータ群を用いて作成されるサンプル空間は図1に示されるように、AとNのサンプル群がバラバラになってサンプル空間上に存在しています。このようなサンプル空間である場合、図1に示されるような線形の判別関数を用いた場合はパラメータの係数(パラメータの大小と方向性)をどのように変えても、サンプル空間上に複雑に分布しているサンプル群を完全に分類することは極めて困難です。
        
 
          図1.サンプル空間の線形分類イメージ図

 図2は図1と全く同じサンプル空間を代表的な非線形分類手法である(ニューラルネットワーク(Neural network)と決定木(Recursive partitioning)とで分類した時の様子を示しています。図2のように線形分類手法では分類不可能なサンプル空間も非線形分類手法を適用することで完全分類が実現できるようになったことが分かります。
 この場合、サンプル空間の形を変えることなく分類手法を線形から非線形手法に変えることで100%分類を実現しています。すなわち、1番の「サンプル空間に合わせて分類する」が実現されたことになります。これは、非線形分類手法が有する極めて強力な分類能力のおかげと言えます。
図2. 図1と同じサンプル空間を非線形分類手法を適用したイメージ図

 一方、図3は線形分類手法であっても完全分類される場合が示されています。すぐわかるように、この場合のサンプル空間は図1と図2とは全く異なっていることが分かりますね。
すなわち、2番目の「サンプル空間を作り直して分類する」とはこのような場合や手順を意味しています。
図3. 作り直されたサンプル空間に対して線形分類手法を適用したイメージ図
  
  これで「サンプル空間」と線形分類及び非線形分類との関係が大まかにイメージされたかと思います。では次に、実際に二クラス分類を実行するに当たり、このようなサンプル空間の扱い方の問題がデータ解析にどのような結果や効果を与えるかについて考えてみましょう。


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

2012/02/02

富士通の元社長である山本卓眞顧問のご逝去に謹んで哀悼の意を表します:I express a condolence for loss of Takuma Yamamoto, advisor and former Fujitsu president heartily.


富士通の元社長である山本卓眞顧問が逝去されたという訃報がWEBに公表されました。


ここに、謹んで哀悼の意を表させていただきます。



◇この場を借りて、私が富士通で働いていた時の3人の社長のパーソナリテイについてお話致します。

 私が富士通に入社した時の社長が山本卓眞社長でした。社長ですから一般社員が実際に会うチャンスも殆どありませんでしたが、社内研修の時に「山本社長の講和」というプログラムがあり、この時に実際に山本社長を見て話しを聴くことが出来ました。

 社長はどんな人かなーとセミナー室で待っていると、これから山本社長が来られますというアナウンス直後に山本社長がバタバタという感じで入室されました。紹介なしでそのまま話をされました。内容は当時大きなニュースとなっていたIBMとの著作権抗争に関する話で、「アメリカのロビーストが頼りないのでこうなる、彼らは首だー」と話し、非常に強烈な印象を残してあっという間に退室されました。突然台風が来て、またたく間に過ぎ去っていった感じです。まさに、富士通を立ち上げて大きくするような人は、山本社長のように、「自ら先頭に立ち、グイグイ人を引っ張ってゆく」というタイプの凄い人なのだなーとつくづく感じました。

 私は、幸運なことに富士通の社長であった秋草直之社長と黒川博昭社長の下で働くチャンスに恵まれました。入社時、既に秋草社長は当時統括部長で、かなり偉かったために日常的に接触するチャンスは殆どありませんでした。しかし、稟議にハンコをいただく時は稟議内容の説明が必要であり、特に専門システムの稟議ということで、直接話をするチャンスを得ました。
 稟議は、留学先で使っていたADAPTシステムを富士通の汎用コンピュータ上に移植するという内容でした。一通り聴き終えた後、余計なことはいわずに「大丈夫か」との一言。「大丈夫です」と答えたら、そのままOKとなりました。まさに「部下を信頼して任せる」というタイプの方です。後に、秋草統括部長は元NTTの秋草総裁の御子息で、将来的には富士通のトップになられるだろうという噂話を聴きました。体が大きくガッシリされ、何とも言えない風格と風貌がありました。富士通の業績が安定し、定常的な環境である時にトップに就かれれば、社員は働きやすいだろうなーと感じました。

 黒川社長は入社時の直属の上司(当時課長)でした。従って、かなりの時間を黒川社長と過ごせましたし、黒川社長の人となりを肌で感じることが出来ました。黒川社長は山本社長とも、秋草社長とも異なるタイプの方です。言葉でいうならば、「人のやる気を起こさせ、一緒に走ってゆく」というタイプの方です。

 黒川社長に関する話はいっぱいあるのですが、例えば部下が新規プロジェクトを提案する時、その是非を判断する場合についての話をしましょう。黒川社長は東大の法学部出身なので典型的な文科系です。私は、当時最先端を行く化学システムのプロであるという意識がありましたので、上司といえども何たるものぞという感じでいました。
 新規プロジェクトについて説明し始めると、疑問点等があると黒川社長は直ぐに質問してきます。どうせ分からないだろうと思いつつ説明しますが、説明に疲れてくると専門用語を多くして質問をあきらめるように仕向けます。殆どの人はこれであきらめるのですが、黒川社長は自分が納得するまであきらめません。そのうち、黒川社長の質問と私の答える内容が少しでも一致する点が出てくると、この時点を出発点として黒川社長の考えとのすり合わせが始まり、いつの間にか二人とも納得点や同意点を見出すようになります。いわゆる夢を共有したということです。ここまでの過程はいつもお決まりのパターンで、黒川社長は「そうなんだな」、「そのように理解すればいいんだな」、と畳みかけるように何度も手を変え品を変えつつ質問してきます。一致点を見出した時、私が「その通りです」と相槌をうつと、「そうかー、そういうことなんだー。だったら、明日からと言わず、今日からでもやろうよ」、と言われます。こちらも、充分納得しているので、やる気が出て「やりましょう」と答えます。ここまで人を引っ張ってくる黒川社長はこれだけでもかなり凄い方なのですが、最後にもう一つ、決定的な言葉で背中を押してきます。「ジャーやろうか、もし失敗したら俺が全責任取るよ」という一言を必ず付け加えます。ここまで言われたら、私に限らず、誰でも男として全力尽くしてやるぞーという気持ちになりますよね。いつの間にか、お釈迦様の手の上で暴れまわっている孫悟空のような状態になっています。当然、私は孫悟空で、お釈迦様は黒川社長です。本人が意識することなく自然に、つまり私はルンルン状態のフルパワーで働いているような状況になっています。このような状況に人を持ってゆくことを自然に出来るのが黒川社長です。

この他にも黒川社長はあっと驚くような様々なことを見せてくれましたし、私も大いに学ばせていただきました。今となって考えると、これが社長となる人の器だったのかと考えさせられますが、当時は他の上司とは異なる非常にユニークな人だなーと感じていました。
 残念ながら入社以来退職までズート一般社員のままでいた私は、同じ期間内に富士通のトップにまでなられた黒川社長から見れば、落差が大きすぎて比較しようもない落第生なのですが・・。このような方の下で仕事が出来たことは、私にとりかけがえのない財産となっています。

文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎


 

2012/01/23

Joe Paterno(ジョー・パターノ) アメリカンフットボールコーチのご冥福をお祈りいたします:Of the Joe Paterno coach pray its soul may rest in peace


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   Joe Paterno監督の追悼会開催日程と場所が公開されましたので報告いたします。
 詳細な内容に関しましては、本ブログに掲載されておりますので、そちらをご参照ください。
http://insilicodata.blogspot.jp/2012/04/joe-paterno-announcement-of-memorial.html

 これを機会に多くのペンステーターの方々との交流を深めてください。また、参加されない場合でも、メール登録等お願い致します。

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   本日、PSU(ペンシルバニア州立大学;Penn State University) Alumniで米国に住んでおられる古川様より、PSUにおけるアメリカンフットボールの伝説的コーチであるJoe Paterno(ジョー・パターノ) 氏が肺癌で亡くなられたとのメールを受けました。ここに、謹んでJoe Paterno コーチの冥福をお祈りいたします。

    昨年秋にコーチ職を引退(85歳)されたのですが、年が明けてすぐの訃報に非常にびっくり致しました。私がポストドクターでPSUに行った時にはすでにPSUのフットボールチームを優勝に導いたコーチとして非常に有名でした。古くなりますが、映画の「サムシングジョーイ」(病気を抱えた弟と結んだ約束(’ハインヅマン’賞を取る)を果たしたフットボール選手の話)の主人公の所属するチームがPSUのフットボールチームで、映画の中でもコーチとして出演しておりました。

    その後のアメリカンフットボールにおける長年の活躍で、Joe Paterno (ジョー・パターノ) コーチは全米最多勝利記録 (409勝) を樹立し、アメリカを代表するアメリカンフットボールコーチとしての名を不動のものとしておりました。

    PSU(ペンシルバニア州立大学;Penn State University) のキャンパスがあるStateCollegeは大学だけの町という感じで非常に過ごしやすい町でした。大学の施設の中でもフットボールスタジアム(通称ビーバー・スタジアム(Beaver Stadium))が非常に大きく、ホームゲームの時は殆ど全市民が集まり、町が空っぽになる感じでした。

    StateCollegeも大きくなりましたが、スタジアムも年を経るごとに拡張され、現在は10万人を超す106,572人が入れる大スタジアムになっているそうです。実際、2002年9月14日の試合では11万人の観客が入った記録があるそうです。11万人が1か所に集まって大応援合戦(アメリカンフットボールの試合の時の応援合戦はすごかったですから)を繰り広げる時の歓声や状況なんて想像もつきません。チャンスがあれば、またStateCollegeに行ってビーバー・スタジアムでNittany Lions football team のホームゲームでの試合を見たいですね。チケットを買えるかが問題ですが・・・。

    改めて、Joe Paterno コーチの冥福を祈りますと同時に、PSUのアメリカンフットボールチームがこの悲しみを乗り越え、より一層活躍することを祈念いたします。

*Joe Paterno コーチ (Wikipedia)
http://en.wikipedia.org/wiki/Joe_Paterno
*ロイター通信
http://jp.reuters.com/article/topNews/idUSTRE80L0GC20120122
*Centredaily times : State Collegeの地方紙です
http://www.centredaily.com/2012/01/22/3061941/fired-penn-state-coach-joe-paterno.html
http://www.centredaily.com/#navlinks=navbar

追伸:
    先日、PSUアルムニ日本の方から、6月くらいにJoe Paterno コーチを偲ぶ会を開催したいとの連絡がありました。東京の八重洲近辺で行うそうです。ご都合がつく方は参加されれば、Joe Paterno コーチの思い出話しなどに花を咲かせながら、皆様と楽しい時間を過ごせると思います。

     正式な時間と場所が決まれば連絡いただけるそうです。その時点で再び関連情報等をアップ致します。皆様もふるって参加致しましょう。
 湯田 浩太郎



文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

2012/01/13

これって「インデックスパラメータ」?(2/2): Is this the index parameter ?

*化学データ解析では、データ解析上での問題と化学上での問題の両方のクリアが必要:On the chemical data analysis, it is necessary to solve both problems caused on data analysis and chemistry

  総ての分野で言えることですが、データ解析手法を個々の分野で適用する時はデータ解析手法と個々の適用分野単位で要求される特有の基準項目を満たすことが必要です。化学上の問題をテーマにした解析である以上、化学上での基準を満たすことが必要です。同時に、データ解析である以上、データ解析上での基準のクリアも求められます。
 
*有機金属化合物を1としたパラメータはデータ解析上での要求事項を満たしていない:Organometallic parameter does not meet requirements on data analysis

   有機金属化合物を特別なサンプルとして扱うパラメータは、化合物のインデックス番号をそのままパラメータ化した最初の事例と異なり、単純な情報といえども化学的な情報を持ったパラメータであることは事実です。従って、化学上での問題はクリアできています。しかし、データ解析ということから発生するもう一つの制限事項、即ちデータ解析を正しく行う為の基準もクリアすることが必要ですが、この場合はクリアできていません。

*データ解析実行以前にクリアすべきサンプルポピュレーションの偏り問題:Misalignment problem of sample population
   有機金属化合物を識別するのに用いられるパラメータがデータ解析の観点でクリアできていない事項は、有機金属と判定したパラメータを構成する1(有機金属化合物の場合)および0(それ以外)の値の割合が偏りすぎていることです。総サンプル数が約3000あったとしても、有機金属化合物が30しかなければ1の値は全体の1%しかありません。これは、事例1で扱った100サンプル中の1個のサンプルをアサインする「インデックスパラメータ」と同じ1と0の比率となります。一般的にパラメータが2値データの場合、少ないポピュレーションの方のサンプルデータは全体の10%以上あることが望ましいとされます。
   有機金属化合物の総数が他の一般化合物と比較して極端に小さいため、この有機金属化合物を1とするパラメータはデータ解析自体に利用することが出来ないパラメータとなっているのです。従って、このようなパラメータを用いた化学データ解析は、化学的には問題なくとも、データ解析的に欠陥のある解析を行っていることとなります。

*化学を隠れ蓑としたパラメータを見逃さない:Do not miss the parameter that assumed chemistry a cover

 通常の化学データ解析では今回の有機金属パラメータのみならず、多種多様の正規のパラメータ群を二次元構造式より創出して利用しています。従って、これらのパラメータ群の中に、一部上記のような有機金属用の「インデックスパラメータ」が混在していても、他の正常な化学パラメータの陰に隠れてしまい、見逃すことが多くなります。

 必死になってR値やR2値の向上ばかりを考えていると、このような不適切なパラメータの存在が見えなくなり、結果的にとんでもない結論に導かれてしまうこととなります。

ソフトがあればプログラムを実行することは簡単にできます。しかし、出てくる結果を保証し、より深い議論や結論に導くためには、化学のみならずデータ解析上での問題点のクリアといった地味な作業が極めて重要となります。


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

 

2012/01/11

これって「インデックスパラメータ」?(1/2): Is this an index parameter ?

*「インデックスパラメータ」とは: What is the index parameter ?

「インデックスパラメータ」はサンプルのインデックス番号の代わりとして利用するパラメータです。パラメータの値が1と0の数値しか使えないような場合に利用されます。

通常はサンプルのIDと同じ番号の時に1を取り、それ以外は0とします。総てのサンプルに1:1に対応させることが必要なために、総パラメータ数はサンプル数と同じ数(次元)となります。

*化学分野での「インデックスパラメータ」事例:An example of the index parameter in the chemical data analysis field

 無意識のうちにこの「インデックスパラメータ」と同じことを行っている化学パラメータの事例をお話します。これは、米国のある環境関連データベースで実際に使われています。

化合物の物性データを目的変数として重回帰分析を実施する場合、他とは異なる特殊な化合物が回帰式の相関係数を大きく下げてしまうことがあります。例えば有機金属化合物等はその典型的な例です。通常、有機金属化合物は他の汎用化合物とその物性値が大きく異なります。 このため、有機金属化合物群と汎用化合物とを一緒にして線形重回帰等を用いて物性値の解析を行うと、有機金属化合物群は常に回帰式から大きく外れてしまい、アウトライヤーとなります。 従って、有機金属化合物群は相関係数を大きく下げる原因となる扱いにくい厄介な化合物群です。

*有機金属化合物の「インデックスパラメータ」化:
Generate an index parameter of organometallic compounds
有機金属化合物群を「インデックスパラメータ」で扱うことで、回帰式からのズレ(残差)を殆ど0とすることが可能です。例えば、有機金属化合物を1とし、他の化合物を0とするパラメータ。あるいは有機金属の、金属の種類単位にパラメータを用意して、該当する金属の有機金属化合物を1としたパラメータ群を構築します。これで、有機金属化合物の情報は「インデックスパラメータ」化されたことになります。このようなパラメータですと、用意するパラメータ数も大きく増えないため、別の機会に述べる「偶然相関(チャンスコリレーション)」の問題もクリアできます。この結果、残差値も劇的に減少し、相関が見違えるほど向上します。

皆様は、このようなパラメータは化学的に有機金属と一般化合物を識別しているだけだから、先の「インデックスパラメータ」みたいな意味の無いことではない。従って、何も悪いことはしていないと感じるでしょう。これは本当に真実でしょうか? これが、化学という隠れ蓑の現実です。


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

 

2012/01/04

伏見稲荷にお参りに行ってきました: I prayed at the 'Fushimi-inari-taisha' in Kyoto.

    今年は新年のお参りに伏見稲荷大社に行ってきました。予想通りの人だかりで、本殿にお参りする行列では30から40メータ行くのに30から40分かかりました。お参りを済ませてjから、お目当ての千本鳥居に行きました。これは写真でしか知らなかったので、写真用(観光用)のものだろうと思い、せいぜい数十メートル、長くても100メートル前後と予想していたのですが、裏山全体仁参道がめぐらされそのすべてが鳥居で覆われていることまでは考えが及びませんでした。おかげさまでペース配分を間違え四つ辻までしか行けず、稲荷山を一周することはできませんでした。
    今回の経験を踏まえ、今度は準備万端整え、全山走破を目指します。今年は、このように新年の誓いが一つ増えました。

I prayed at the 'Fushimi-inari-taisha' in Kyoto.
   This year, I went to the 'Fushimi-inari-taisha' for prayer of the New Year.
   I suffered from 30 for 40 minutes to pray at the main shrine because there were a great many people to go to 40 meters from 30.   It took about 30 to 40 minutes to walk only 30 to 40 meters to go to the main shrine.
   Since I finished prayer and I moved to the most famous ‘Senbon torii’.
   I thought that ‘Senbon torii’ would be build for the photograph (for the sightseeing), therefore it may be tens of meters to have expected about 100 meters at most even if it was long just like the set of the movie. But, many number of mountain trails, all of them are covered with a quite large number of torii, are set up on a whole hill behind the Shrine.
   This misunderstanding makes a mistake on the walking pace distribution, it is possible to go only to the ‘Yotu Tsuji’ and impossible to travel across the ‘Inari yama’.  
   Based on this experience, I will fix every preparations and challenge again to walk the ‘Inari Yama’ perfectly.
    Therefore, one more resolution of the new year is mounted up in this way.














 
 
文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

2011/12/27

こんなことは通常の解析ではありえない。:Such a thing cannot be happen on my daily analysis.

自分は正しい解析をしているはず!!
   多くの研究者の方々は、このようなことは自分の研究ではあり得ないと思っているかと思います。しかし、注意してデータ解析を検証してゆくと欧米の著名な国や研究機関により公開されているWEBサイトであっても、先のような事象と同じようなことが行われている事例が見られます。多数のサンプル数と高いR及びR2値が勲章のようにして堂々と公開されています。当然担当者に悪意はないのですが、意識しないうちに先の事例と同様なことを行っているのが多いのです。
   重回帰解析の達成目標としてRやR2値が有名なので、一般的にはこれらの値の改善を目標として重回帰解析を実施します。パラメータを追加すると、少しであってもRやR2値が向上するので、研究者は新たなパラメータを考えてどんどん追加してゆきます。
   この場合、先の例にあったように化合物IDのような不自然な値をパラメータとするわけではなく、少なくとも目標とする研究に関係するパラメータなので変だなーとは感じません。この結果、RやR2値は高い値を実現しているのに、よく当たらないという結果になってしまいます。
   一体何が起きているのでしょうか? 多変量解析/パターン認識によるデータ解析を行うときに常に留意しなければならない複数の要因が絡まってこのような結果となっています。
 1.過剰適合 ( Over Fitting)
 2.偶然性 ( Chance Correlation )
  3.インデックスパラメータ (Index Parameter) の使用
    データ解析を実行する時には様々な守るべき条件や、留意点、データ解析手法の特徴と適用限界等に気をつけながら実行することが必要です。さもなければ、まったく意味のない結果に左右され、翻弄されてしまいます。
   データ解析の基本が守られているということを前提として、データ解析を道具とする構造-活性相関(QSAR)やケモメトリックス等の二次的な研究分野が存在します。従って、構造-活性相関(QSAR)やケモメトリックス研究で多変量解析/パターン認識の基本がクリアされていない場合、どんなに素晴らしい結論を導き出しても、先の事例のようにそれらの結論はFAKEにしかすぎません。
   構造-活性相関(QSAR)やケモメトリックス研究で正しく討論するためには、先に述べましたような多変量解析/パターン認識の基本をしっかりと理解しておくことが大切です。これらの制限事項は先の事例以外にも多数存在しますが、常にこれらの制限事項を意識して解析することが必要です。これらの制限事項は今後順次このブログ上で説明してゆきます。
   なお、構造-活性相関(QSAR)やケモメトリックス分野には、データ解析とは異なる、これらの分野特有の制限事項や適用限界等が存在します。こちらの制限事項等も正しく理解しながら実施することが必要です。

I never do such funny data analysis.
  The most of researchers think that such case is impossible to happen on their research. 
  However if we careful and verifying a data analysis results which are published  open on WEB by famous national research center and institution in Europe and USA, we notice that the case that a thing like these operation is seen on WEB when we check those results of data analysis cautiously. More over on those WEB site, high R and R2 values and large number of samples are written just like the decoration and proof of an excellent data analysis. Of course, there is not malevolence but it is often doing a thing like the case on the person in charge while not conscious.

Because R and R2 values are the most important and famous index of goodness of results of regression data analysis, generally, a multiple regression analysis has been processed for achieving high R and R2 values. In general, R and R2 values are improve even if it is a little when adding a parameter, most of researcher think and generate various parameters and adds it steadily.
In this case, those generated parameters which are related with the research subjects to make a goal at least, by not making an unnatural value like the compound ID. Therefore most of researcher doesn't feel unusual or abnormal status. As a result, in the case that R and R2 values have been achieved high values, but it can’t get well and excellent prediction results.  

What will get up on this case?  More than one which must be always pay attention while doing a data analysis by multi-variate analysis and pattern recognition analysis becomes such a result. 

1. Over Fitting
2. Chance Correlation
3. The use of ‘index parameter’

It is necessary to execute while careful of the various conditions and restrictions that comes from basis of data analysis methods. Otherwise, the conclusion which derived from the data analysis is influenced by the meaningless result and it has been made fun of it.  

The research fields, for example the ‘QSAR (Quantitative Structure – Activity Relationships)’ and the ‘Chemometrics’, are constructed based on the assumption that the applied data analysis are processed correctly.
  Therefore, the ‘QSAR’ and ‘Chemometrics’, when the basics of the multi-variate analysis and the pattern recognition aren't applied correctly, obtained results of the data analysis, like the case at the end, those conclusions pass only to FAKE.  
   On the ‘QSAR’ and the ‘Chemometrics’ research works, it is important to understand the basics of the multi-variate analysis and the pattern recognition. There are some more important limitations on data analysis methods. The detail of those limitations are explained on this blog in order in the future.  
   Incidentally, the limitation and the application limit which are derived from the ‘QSAR’ and the ‘Chemometrics’ research. It is necessary to implement while understanding these limitations.

文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

 

2011/12/24

重回帰手法にて、RやR2を常に1(100%)を実現する秘伝中の秘伝を公開します。The highest secret in the secret which always accomplishes 100% of R and R2 values by the multiple regression analysis is exhibited.

こんなのありーー!!!!!

  線形、非線形重回帰において、どんなデータであっても、どんな数のサンプルを用いても、常に100%の相関と決定係数を達成する秘伝中の秘伝をこのコーナーで公開いたします。

 データ解析は以下の手順で実行してください。目的変数として薬理活性のED50を用いて、100個のサンプルを用いるとします。なお、これら100個のサンプルにはあらかじめ1から100番までの任意のID番号を付けておきます。

1.サンプルデータとして薬理活性のED50値を持つ100個の化合物を用意します。
2.使用するパラメータとしてサンプル数と同じ100パラメータを用意します。
3.各パラメータは化合物のID番号の部分を1とし、残りはすべて0とします。
4.100サンプルのED50を目的変数、100個のパラメータを説明変数として重回帰を実行します。

解析結果:相関係数R=1(100%)、決定係数R2=1(100%)の結果が出ます。
結論と指針:薬理活性ED50は化合物のID番号と完全に相関している。従って、薬理活性ED50は化合物ID番号と極めて重要な相関関係を有し、ED50 は化合物IDを用いて完全に説明できる。また、化合物ID番号だけで薬理活性を自由にコントロールできる。

    こんなことが現実にあったならば、ノーベル賞がいくつあっても足りないですね。
  これは極端な例で、おかしいことがすぐわかります。しかし、データ解析を実際に行う現実の世界では、形を変えてこれと似たことが多くの現場で無意識で実施されています。一体何が悪いのでしょうか。皆様は明確に答えることが出来ますか。
 


 Is this completely true or fake !!!!!

I disclose a miracle recipe to achieve always 100% of correlation and coefficient - of-determinations even if what kind of data and any number of samples are used.

   The secret data analysis executes by the following procedure.
   In this sample, the used samples are total 100 samples. Any types of pharmacological - activity ED50 was used as the response variable.

1. Total 100 compounds are used for this test. Those used compounds have a pharmacological - activity of ED50 value as the sample data.
2. Next step, It prepares 100 parameters which are the same as the number of sample.
3. Each parameter makes the part of the ID number column is settled 1 and makes all other columns are 0.
4. The ED50 value of used 100 sample are settled for response variable. Generated 100 parameters are used for explanatory variables and execute  a multiple regression.

 The result: The result of coefficient of correlation value is R = 1 ( 100% ), and coefficient - of - determination value is R2 = 1 ( 100% ) comes out.
The conclusion: Pharmacological-activity (ED50) is fully correlated with the ID number of each compound. Therefore, pharmacological-activity (ED50) and compound ID number has a very important correlation.
Therefore, ED50 can be fully described by using the compound ID only.
Also, the pharmacological-activity (ED50 ) can be freely controlled only by the compound ID number.

If those result of data analysis hold true perfectly, it isn't adequate even if there are many pieces of Nobel prize.
As for this, this example shows an extreme strange case, so it is easy to notice this is a false case. But in actual case or in daily works on data analysis, similar cases happens frequently on accidentally.

What is wrong, what is missing, what is misunderstandings ?


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎

 

2011/12/21

インシリコデータ関連のブログです:This is the blog of In Silico Data

インシリコデータ関連のブログです:
    このブログではインシリコデータ関連の情報を発信します。ホームページでは表現しきれない情報や、さまざまな情報をタイムリーに提供することを目指します。内容は、最新のインシリコ関連の基本及び応用技術を中心とし、適用分野は構造-活性相関(QSAR)や、毒性関連研究、ケモメトリックス関連研究、データ解析関連技術と様々な分野となります。従って、内容がバラバラで統一がとれないものとなるかもしれませんが、あらかじめご承知おきください。


This is the blog of In Silico Data:
    In this blog, 'in silico data' related information is discussed and disseminated. This blog aims offering various information timely which can't be expressed in a homepage. As for the contents, the application field turns into structure-activity correlation (QSAR), in silico toxicology related research, chemometrics, basic data analysis methods and various fields which are focusing on 'in silico' related various basic and applied technology.
 Therefore, contents of this blog may not be unified, please be careful beforehand.


文責: 株式会社 インシリコデータ 湯田 浩太郎